Представлены результаты исследования эколого-геохимического состояния атмосферного воздуха, снегового, почвенного покрова и природных вод территории г. Томска. Выявлены наиболее загрязненные участки природной среды и источники их загрязнения. Для оценки экологического состояния проводился анализ широкого спектра микроорганизмов, которые являются наиболее чуткими индикаторами загрязнения.