Обзор посвящен эпигенетическим факторам, связанным с физиологическими и патологическими процессами в развитии плода и новорожденного ребенка. Обсуждены современные аспекты формирования микробиоты и иммунитета, роль лактобацилл матери в репродуктивной физиологии. Влияние переноса микробиоты влагалища на развитие нервной системы и микробиом новорожденных, рожденных путем кесарева сечения. Показано формирование иммунного ответа через Толл-подобные рецепторы. Грудное молоко матери, как биологическая система, обеспечивающая оптимальное физическое и нервно-психическое развитие, профилактику инфекционных и неинфекционных заболеваний несомненный фактор здоровья ребенка после рождения. Представлена роль антибактериальной терапии, применяемой в антенатальном периоде и в первые часы жизни в формировании поздних инфекций новорожденных и нарушении их развития.