Рассматриваются методы и инструменты государственного регулирования структурной перестройки промышленности, которые могут быть эффективно применены в период экономического кризиса. Выявляются характерные черты прямых и косвенных методов регулирования структурных преобразований. Определены группы методов, позволяющие селективно и оперативно осуществлять государственное регулирование структурной перестройки на макроэкономическом, микроэкономическом уровнях, региональном уровне и уровне институциональном. Для осуществления динамичной структурной модернизации отечественной промышленности предложено скорректировать подходы в бюджетно-налоговом и денежно-кредитном регулировании.