В статье рассматриваются методологические подходы в имитационном моделировании на основе агентного моделирования, ориентированного на решение практических проблем. Актуальность моделирования инновационного поведения экономических систем обусловлена стимулированием инновационной активности, а также отбором и обоснованием инновационных решений. В статье выявлены особенности применения агентного моделирования в общей схеме имитационного моделирования инновационных экономических систем, определена главная идея имитационного моделирования с помощью мультиагентного подхода. Из чего следует, что внедрение этих идей в инновационное поведение экономических систем требует дальнейшего изучения, развития и практического применения. Мультиагентный подход - эта та основа, на которой можно построить достаточно нетривиальные обучающиеся системы. Таким образом, следует, что за агентным моделированием большое будущее, поэтому имитационное моделирование инновационных экономических процессов лучше делать агентным способом, потому что, если экономика жестко управляема, происходит нарушение важных инновационных процессов. Если моделировать реальные инновационные экономические процессы, то необходимо применять мультиагентное моделирование потому, что смысл экономики состоит именно в том, что каждый его Агент совершает свои личные действия, исходя из своих личных интересов.