В статье представлены результаты изучения структуры популяций ели в заповедниках Центрально-Лесном, «Кологривский лес» и «Басеги» на основе фенотипов особей, выделяемых по параметрам фенотипов популяций. Показано, что в заповедниках, располагающихся в европейской части России на большом расстоянии друг от друга с запада на восток, существуют большие различия в фенотипической структуре популяций ели. В Центрально-Лесном заповеднике отмечено существенное преобладание особей фенотипов ели европейской (67%), в заповеднике «Кологривский лес» преобладают особи промежуточных фенотипов (73%), в заповеднике «Басеги» – особи фенотипов ели сибирской (86%). На территории этих заповедников встречается различная доля (33, 73, 14% соответственно) особей промежуточных фенотипов ели. Результаты исследования представляют собой новую информацию о фенотипической структуре популяций ели на территории заповедников и приемах ее изучения.