В статье представлены многоплановые вопросы анализа и управления рисками инновационных проектов. Высокая эффективность инновационных проектов обеспечивается при минимальных затратах на научно-исследовательские, опытно-конструкторские и проектные работы и максимальном достигаемом эффекте. В работе рассматривается ряд методов и инструментов принятия управленческих решений, позволяющих повысить точность оценки объема инвестиций, снизить неопределенность результатов инновационной деятельности, повысить эффективность реализации проектов.