В статье рассматриваются аспекты применения молекулярно-генетических методов в диагностике видового состава микромицетов в тканях насекомых с целью выяснения роли последних в качестве переносчиков возбудителей основных заболеваний лесных древесных видов в питомниках. Проведен молекулярно-фитопатологический анализ образцов насекомых и пораженных тканей сеянцев и саженцев в пяти лесхозах. В тканях насекомых выявлен спектр видов патогенных грибов, среди которых доминируют виды родов Cladosporium и Alternaria. Установлено, что насекомые могут являться одним из потенциальных факторов переноса и распространения ряда фитопатогенных грибов в лесных питомниках.