В статье рассмотрено правовое регулирование государственной инновационной политики и представлены структура институциональной среды инновационной экономики и механизм функционирования инновационной безопасности. Рассматриваются неисследованные ранее явления и факторы институционально-инновационного долгосрочного развития общества. Сделан вывод о необходимости обеспечения защиты субъектов инновационной системы от внешних и внутренних угроз. Внесены предложения, определяющие устойчивость и безопасность развития государства и общества.