Проведен сравнительный анализ содержания липидов и свободных жирных кислот 25 сортов льняного семени двух лет вегетации. Целью данной работы была оценка агроэкологического влияния климатических условий на биохимический состав льняного семени. Анализ выявил экологическую изменчивость содержания масел и жирных кислот. Умеренная влажность и температура окружающей среды (17–18 ° C) при формировании семян приводит к увеличению содержания липидов и обеднению льняного масла ненасыщенными жирными кислотами. Показаны биохимические особенности с наибольшей экологической изменчивостью. Анализ основных компонентов применен к классификации сортов льняного семени по исследуемым параметрам.