Обсуждаются основные индикаторные компоненты экосистем, которые необходимо анализировать для оценки безопасности пещер для человека и для оценки состояния пещерных экосистем. Проблема выявления уязвимых для антропогенного воздействия частей экосистем (популяций, сообществ, биотопов и пр.) состоит в слабой изученности пещер. Наибольшее антропогенное воздействие приходится на экскурсионные оборудованные пещеры, но его легко регулировать. Относительная изоляция пещерной среды от влияния наземных факторов определяет особенности экотопов. Безопасность пещер для человека связана с состоянием их радиационной и микробиологической обстановки. Необходимы комплексные дозиметрические обследования пещер. Анализ состава и обилия микробиоты, в том числе санитарно показательных видов, может помочь в первичной оценке антропогенной нагрузки. Для мониторинга микробиологических характеристик пещер необходимо оптимизировать методологию.