Простейшие нередко становятся причиной развития у собак патологий желудочно-кишечного тракта. При этом на ранних стадиях клинических признаков заболевания может не быть. Целью нашей работы стало изучить структурные изменения слизистой оболочки тонкого кишечника у собак при паразитировании Cystoisospora spM Giardia sp. Проведя изучение полученных биопсийных образцов у собак с Cystoisospora sp. был установлен дуоденит с умеренными изменениями в соответствии с рекомендациями WSAVA Gastrointestinal Standardization Group. Ворсинки слизистой оболочки двенадцатиперстной кишки укорочены, нерезко расширены, эпителиальная выстилка представлена одним слоем клеток с признаками дегенеративных изменений, собственная пластинка отечна, с умеренной инфильтрацией клетками воспаления - единичными лимфоцитами, единичными плазмоцитами, нейтрофилами, единичными эозинофилами. Паразитирование Giardia sp. становится причиной развития нарушений работы желудочно-кишечного тракта с признаками умеренного и выраженного воспалительного процесса. Гистоархитектоника слизистой и мышечной оболочек кишечной трубки частично нарушена, эпителиальная выстилка представлена одним слоем со значительными признаками дегенеративных изменений, собственная пластинка отечна, с выраженной инфильтрацией клетками воспаления - лимфоцитами, плазмоцитами, нейтрофилами, эозинофилами. За пределы мышечной пластинки инфильтрат практически не распространяется. У животных, инвазированных Giardia sp., мы не получили прямой связи тяжести поражения тонкого кишечника при паразитировании простейших и клиническими проявлениями, особенно с тяжестью и частотой протекающей диареи.