Морфонология как отдельная языковедческая дисциплина зародилась на рубеже XIX—XX вв. благодаря трудам филологов-лингвистов, обосновавших статус фонемы и морфемы, пополнивших список абстрактных единиц языковой системы. Неслучайно эта дисциплина сложилась на основе теории фонетических альтернаций, или чередований, так как обе единицы обнаружили тесную взаимосвязь и явную вариативность в отношении звуковой формы.