Введение. Одной из актуальных проблем в паразитологии является диагностика гельминтозов и протозоозов в отсутствие стандартизированного музея паразитарных патогенов и при увеличении нозологий, циркулирующих на территории России. Целью работы явилось совершенствование методического обеспечения и создание виртуальных слайдов с изображением личинок и яиц гельминтов, а также цист и ооцист патогенных простейших на базе цифровых сканер-микроскопов. Материал и методы. В работе были использованы сканер-микроскопы с программным модулем «Паразитология». Результаты. Сформирован актуальный реестр фотоизображений более 40 видов паразитарных патогенов, имеющих медицинское значение, и 53 видов возбудителей паразитарных болезней животных, представляющих опасность жизнедеятельности человека. Обсуждение. Актуализация и расширение атласа позволит повысить эффективность паразитологических исследований как в санитарии, так и при исследовании интестинальной микробиоты.