При плоскоклеточной карциноме гортани популяция эпителиальных клеток, присутствующих в опухолевой ткани, исходно гетерогенна и, помимо опухолевых клеток, инвазирующих слизистую оболочку органа, включает нормальные эпителиальные клетки белково-слизистых желёз и клетки многослойного эпителия, покрывающего слизистую оболочку. Проведён поиск дифференциальных маркеров для разделения данных субпопуляций. Поверхностный маркер CD44 и цитокератины 5 и 17, которые часто используются для верификации клеток карциномы, являются общими маркерами для всех эпителиальных клеток гортани. При высокодифференцированной карциноме субпопуляции нормальных и опухолевых эпителиальных клеток могут быть разделены по уровню экспрессии цитокератинов 10 и 18 и ядерных маркеров Ki-67 и p63. Однако при умеренно дифференцированной карциноме опухолевые клетки и нормальные клетки базального слоя многослойного эпителия, покрывающего слизистую оболочку гортани, имеют сходный фенотип, что должно учитываться при проведении экспериментальных исследований.