Болезнь Крона с изолированным поражением желудка относится к редким и трудно диагностированным заболеваниям. Точные диагностические критерии и лечение данной нозологической формы не разработаны. В статье описан клинический случай болезни Крона с поражением желудка у пациента 60 лет. Представлен сложный процесс дифференциально диагностического поиска при обнаружении гранулематозного воспаления желудка. Показаны положительные клинические результаты лечения с применением ингибиторов протонного насоса в комбинации с глюкокортикостероидами и иммуносупрессорами. Особое внимание уделено необходимости дальнейшего изучения микробиоценоза желудка при хроническом, в том числе гранулематозном, воспалении.