В статье рассмотрены новации в применении ставок таможенных сборов за совершение таможенных операций, определены целевые функции таможенных сборов. Актуальность исследования связана с масштабным реформированием таможенных органов, цифровизацией таможенной сферы. Цель исследования – определить, каким образом изменения в применении таможенных сборов за таможенные операции повлияют на целевые функции таможенных сборов. При помощи аналитических и расчетных методов автором установлено соответствие между размером ставок таможенных сборов за таможенные операции и затратами, связанными с оказанием таможенных органов государственных услуг, в связи с которыми подлежат уплате таможенные сборы. Сделаны выводы о том, что при переходе к цифровизации таможни основной функцией таможенных сборов действительно будет являться компенсация затрат на оказание государственных таможенных услуг, а не фискальная функция.