Оценка численности рыб традиционными методами является достаточно трудной задачей, поэтому все чаще используются методы видеорегистрации, применение которых, однако, ограничивается трудоемкостью ручной обработки. В статье сравниваются альтернативные методы автоматической оценки численности трёхиглой колюшки Gasterosteus aculeatus в Белом море, которая является наиболее многочисленным видом рыб водоема: алгоритмы, инструменты компьютерного зрения с открытым кодом и нейронная сеть. Сравнительное тестирование методик показало, что использование нейронных сетей является наиболее точным и надёжным методом распознавания изображений колюшки. Причем этот метод оказался эффективным при использовании изображений разного качества и устойчив к помехам. Коэффициент корреляция между числом рыб, подсчитанным вручную и автоматически и составил 0,996. Мы считаем, что этот метод является перспективным для изучения распределения и миграций рыб.